清理树木首先可以使用家园中的斧头工具。在庄园商城的农具分类当中可以购买到青铜斧头，这是清理树木的基础工具，装备斧头之后，靠近需要清理的树木，点击交互按钮就可以开始砍伐，普通的小树苗通常只需要几下就可以完成清理，砍伐完成之后可以获得木材，这些木材可以用来在家园工坊当中制作家具、升级建筑。
部分大型的古树无法使用普通斧头清理，需要先通过庄园任务获取银斧头图纸，在家园工作台消耗对应数量的铁矿石和木材制作银斧头。银斧头的砍伐效率更高，同时可以作用于大型古树，在砍伐古树的时候，古树会在短时间内进入无敌状态，需要等待无敌状态消失之后才可以继续砍伐，成功清理古树之后，除了基础木材之外，还可以额外获取到珍稀的松木，这种木材可以用来制作限定款的欧式庄园家具。
还可以通过使用加速肥料来缩短清理树木的整体耗时，在清理树木之前，在树木下方播撒加速肥料，可以让树木的砍伐进度条推进速度提升百分之三十，加速肥料可以通过每日庄园订单以及活动兑换获取。同时，加入庄园小镇之后，可以和小镇成员组队砍伐小镇公共区域的树木，组队砍伐可以获取到额外的小镇贡献值，贡献值可以在小镇商店兑换专属的小镇装扮。
