要乘坐船只进行跨海域旅行，你必须首先获得关键道具船票，而获取船票的核心地点在华蓝市。前往华蓝市右上方的25号道路，沿着道路走到尽头便能找到正辉的小屋，进入后你会发现一只皮皮，与之对话后得知这实际上是正辉本人因实验失误所变，帮助他操作屋内的电脑使其恢复人形后，出于感谢，他会将圣安奴号的船票赠予你，这是开启航海之旅的唯一凭证。
拿到船票之后，你需要前往枯叶市的码头才能登船。抵达枯叶市后，寻找位于城市南部的港口，在这里你会看到停靠的圣安奴号游轮。与码头边的船员对话并出示船票，即可被允许登船。请注意，在登船前建议先前往精灵中心恢复宝可梦的体力，因为船上设有众多训练家等待挑战。
圣安奴号航行的主要目的地是分布于关都地区南方的诸岛，其中首站通常是1号岛。在1号岛上，你可以探索灯火山等区域，并有机会遭遇传说中的宝可梦。完成特定的岛屿剧情后，航线的选择会进一步扩展。在通关一周目并完成例如寻找红宝石等任务后，可以解锁前往更多岛屿的航线，如2号岛至7号岛，这些岛屿各自拥有独特的场景、道具和剧情任务，是游戏后期重要的探索内容。
圣安奴号在停靠枯叶市期间可以自由上下，但一旦剧情触发或你取得关键道具如秘传学习器居合斩后，船只便会离港，因此下船前请确保已完成船上的探索。部分岛屿的地形探索需要你的宝可梦掌握冲浪、攀瀑、怪力等秘传技能，建议提前做好准备。
