神兽的捕捉是游戏进程的关键目标，其位置分布具有明确的区域锁定与触发条件。闪电鸟栖息于关都地区的雷霆之塔，玩家需完成主线剧情并获得全国图鉴，同时队伍中需携带雷丘才可进入该区域。雷霆之塔入口位于真新镇北侧树林，需使用秘传技能居合斩清除障碍物，塔内环境复杂，遭遇闪电鸟需耐心探索，其高HP与电系技能威胁较大，建议携带地面系或具备抗电属性的精灵应对。
火焰鸟位于火焰之塔，同样需通关主线并持有全国图鉴，队伍中需存在九尾作为通行凭证。火焰之塔入口与雷霆之塔相邻，同样需居合斩开路。塔内布局曲折，多次探索方能遭遇目标。火焰鸟的火系攻击极具破坏力，水系与岩石系精灵可有效克制，战斗中需注意及时回复。急冻鸟的栖息地设定在双子岛深处，该区域需通过19号水道冲浪抵达。抵达后需推动洞内岩石以阻断地下水流，从而进入急冻鸟所在密室。急冻鸟以高速与冰系技能见长，火系或格斗系精灵能快速压制，但需防范其冰冻效果带来的行动限制。
超梦作为顶级传说宝可梦，其所在地新岛为隐藏地图。解锁新岛需完成游戏主线后的一系列特殊任务，具体涉及火箭队事件收尾及关键道具船票的获取。新岛挑战难度显著提升，超梦具备极高特攻与速度属性，幽灵系与恶系技能可对其造成有效伤害，但需防范其超能力系的强力反击。
建议提前储备高级精灵球（如超级球、高级球）与状态异常道具（如麻痹粉、催眠术）。神兽普遍具有低捕获率与高逃脱倾向，优先削弱其血量至红色状态并施加异常状态可显著提升成功率。队伍配置需兼顾输出与续航能力，携带具备刀背击打技能的精灵可避免意外击杀目标。
