神秘工厂是一个结合探索、解谜与战斗的复合玩法场景。玩家需要通过触发机关、收集物品和击败特定敌人来解锁工厂的秘密。首先进入工厂后，需在道路尽头的雕像前演奏共鸣之歌以开启下一场景，随后击杀激活的假人并沿通道前进。部分机关需要与场景中的柱子或开关互动，例如按下特定位置的按钮或调整设备顺序。
工厂的核心解谜围绕秘密设备展开。共需触发四个隐藏设备，包括调查房间画像、反复点击NPC掉落物品等。触发全部设备后，控制室的门会开启。进入控制室需攀爬楼梯并敲钟，随后从后门离开。这一过程要求玩家观察环境细节，例如墙上的图案或NPC对话提示。部分机关需要多人协作，例如同时激活多个开关，建议组队完成以提高效率。
BOSS拥有阶段性技能，需优先躲避地面范围伤害，并在其蓄力时打断施法。战斗过程中会刷新小怪，建议优先清理以避免干扰。击败BOSS后，沿剧情路线前进即可完成任务逃出生天。该任务奖励包含装备强化材料与刻印书，是角色成长的重要资源。
解锁领地后，每日可进入采集资源用于技术研究或道具制作。管理界面中可直接查看采集内容，建议优先采集稀有材料以提升效率。工厂与领地玩法相互关联，例如部分领地研究能降低工厂解谜难度，或提供额外的战斗增益效果。
