商栈的初始建造需要消耗特定的基础材料和游戏内货币，玩家必须准备木材、石料和铁矿等资源来搭建普通商栈结构，商栈的摆放位置有严格限制，必须保证三格位于运河河面上，这会影响城市布局中的土地和空间分配，建造过程中还需支付一定数量的金币作为基础费用。
升级商栈到更高等级涉及显著的金币支出和高级资源投入，普通商栈升级至一级需要消耗五万银两，而四级以后的单次升级费用可能超过二十万金币，等级提升，玩家还需获取琉璃瓦和青花瓷等高级建材，这些资源通常需要通过生产建筑或交易途径积累。
将普通商栈转化为特殊商栈需要特定类型的商业建筑达到高级别并满足合成公式，例如文化商栈要求两个画室、两个瓷器店和两个伞店全部升级到四级，类似地，其他商栈类型如便民商栈或特产商栈也需对应商铺组合升至指定等级，这一过程消耗大量升级材料和金币。
解锁商栈功能前玩家需完成前置任务，这间接消耗了游戏内资源与时间，完成运河商贸系列任务需要累计进行一百次交易，消耗了基础物资如菜肴和商品，商栈的布局必须确保加成范围不重叠，且建筑一旦放置就不能移动或存入仓库，否则会导致升级失效。
商栈在运营过程中持续消耗资源以维持收益产出，特殊商栈为范围内的建筑提供双倍收益加成，但需要保持商铺配置稳定，玩家可以利用商栈卖出特产资源如竹子、纸扇和团扇，这些资源的消耗通过贸易转化为金钱收入，同时商栈的维护需确保通路和建筑等级不下降。
