游戏开始时大木博士只会让你从妙蛙种子、小火龙和杰尼龟里挑一个，选定了就不能改了，这是最基础的获取方式。如果你想拥有不止一只，甚至想把三只都收集到自己的队伍里，那就得靠游戏里的一些其他方法和机制了。这个过程本身也是游戏冒险乐趣的一部分，毕竟慢慢把心仪的伙伴都找齐是件很有成就感的事。
另一个主要的方法就是在野外亲自去捕捉小火龙则偏爱在华蓝市左边的草地或者一些岩山洞穴附近活动；而杰尼龟作为水系宝可梦，通常需要在枯叶市周边的水域使用钓竿才有机会钓到。不过它们的出现几率一般来说比较低，算是稀有宝可梦，所以去抓之前最好多备上一些高级球或者重复球，这样成功率会高不少。
最正经的途径就是通过游戏内的交换系统。你可以培养一些其他有价值的宝可梦，比如凯西或者腕力然后去特定的地点，像枯叶市的宝可梦俱乐部或者彩虹市的游戏中心，寻找愿意交换的NPC。用你培养好的宝可梦去换回另一只御三家，这样你队伍里就能多一位最初的伙伴了。这个方法比较稳定，不需要碰运气在野外遇到，但前提是你得提前准备好用来交换的资本。
当游戏进行到中期解锁了乘船前往南方岛屿的剧情后，你又会多一个获取御三家的渠道。比如完成圣安奴号的相关剧情后，可以坐船去一号岛的灯火山或者四号岛的冰瀑洞窟这些地方。这些岛屿区域会周期性地刷新出御三家宝可梦，而且等级通常在二十多级，比较适合用来补充中期队伍的战斗力。去这些地方探险记得带上会冲浪和碎岩技能的宝可梦来克服地形障碍，同时也可以考虑用点喷雾剂避开低等级野生宝可梦的干扰。
