高爆发型忍者比如宇智波鼬、佐助这类角色，技能伤害高，能快速清理敌人，特别适合需要速通的关卡。而像鸣人、卡卡西这种生存能力强的忍者，则更适合持久战，能扛住大量伤害，给队友创造输出空间。如果队伍里缺治疗，小樱或者角都这类辅助型忍者就是不错的选择，能及时给队友回血，提高整体容错率。
输出型技能优先选伤害高的，比如月读或者麒麟这种大范围AOE，能一次性解决多个敌人。辅助技能则要看时机释放，比如治疗之术最好在队友血量危险时用，而护盾类技能可以提前开，抵挡BOSS的爆发伤害。控制技能比如影子操控术或者虫玉，能限制敌人行动，给队伍争取更多输出时间。合理分配技能冷却时间，避免关键时刻没技能可用，这点在高压副本里尤其重要。
副本中的地图和敌人分布也会影响忍者发挥。有些关卡障碍物多，这时候带位移技能的忍者会更灵活，比如能瞬身或者跳跃的角色，可以快速绕开障碍直击目标。如果敌人集中在某个区域，范围型忍术就能派上大用场，不用一个个慢慢打。注意观察BOSS的攻击模式，很多技能都有前摇动作，提前预判走位或者开无敌技能，能大幅降低翻车概率。
副本里捡到的治疗药水、护盾卷轴别舍不得用，关键时刻能救命。组队时尽量保证队伍里有输出、坦克和辅助，分工明确打起来更轻松。如果遇到特别难的副本，可以多试几次熟悉机制，或者换个忍者搭配思路，有时候稍微调整一下就能发现新打法。
